สมุนไพรจีนยังเป็นยาที่อิงตามทฤษฎีการแพทย์แผนจีนดั้งเดิม ซึ่งรวมถึงยาจีนดิบ ยาที่เตรียมในรูปแบบชิ้นของวัตถุดิบยาจีน ยาสิทธิบัตรจีนดั้งเดิม และการเตรียมการง่าย ๆ เป็นต้น
สมุนไพรจีนถูกใช้มานานหลายศตวรรษ นักสมุนไพรคนแรกในประเพณีจีนคือเสินหนง บุคคลในตำนานที่กล่าวกันว่าได้ลิ้มรสสมุนไพรหลายร้อยชนิดและถ่ายทอดความรู้เกี่ยวกับพืชสมุนไพรและพืชมีพิษให้กับชาวนา คู่มือยาจีนเล่มแรก Shennong’s Classic of Materia Medica ระบุยาประมาณ 365 ชนิด ซึ่ง 252 ชนิดเป็นสมุนไพร และมีอายุย้อนไปในสมัยราชวงศ์ฮั่นในศตวรรษที่ 1
คนรุ่นต่อ ๆ มาได้เสริมงานนี้ เช่น ในตำราว่าด้วยธรรมชาติของสมุนไพร ซึ่งเป็นตำราสมุนไพรจีนในศตวรรษที่ 7 ของราชวงศ์ถัง ที่สำคัญที่สุดคือ Compendium of Materia Medica ที่รวบรวมในสมัยราชวงศ์หมิงโดยหลี่ซือเจิน ซึ่งยังคงใช้สำหรับการปรึกษาและอ้างอิงในปัจจุบัน
แพทย์จีนใช้วิธีการต่าง ๆ หลายวิธีในการจำแนกสมุนไพรจีนดั้งเดิม:
ธรรมชาติทั้งสี่
ธรรมชาติทั้งสี่เกี่ยวข้องกับระดับของหยินและหยาง ได้แก่ เย็น (หยินสุดขั้ว), เย็นสบาย, อบอุ่น และร้อน (หยางสุดขั้ว) ความสมดุลภายในของหยินและหยางของผู้ป่วยจะถูกพิจารณาเมื่อเลือกสมุนไพร ตัวอย่างเช่น สมุนไพรที่มีธรรมชาติ "ร้อน" (หยาง) จะถูกใช้เมื่อบุคคลมีความเย็นภายในที่ต้องการการขับออก หรือเมื่อผู้ป่วยมีลักษณะทั่วไปที่เย็น บางครั้งจะมีการเพิ่มส่วนผสมเพื่อชดเชยผลกระทบสุดขั้วของสมุนไพรหนึ่งชนิด
รสทั้งห้า
รสทั้งห้าคือ เผ็ด หวาน เปรี้ยว ขม และเค็ม และแต่ละรสมีชุดของหน้าที่และลักษณะที่แตกต่างกัน ตัวอย่างเช่น สมุนไพรที่มีรสเผ็ดจะใช้เพื่อสร้างเหงื่อและเพื่อชี้นำและกระตุ้นพลังชี่และเลือด สมุนไพรที่มีรสหวานมักจะบำรุงหรือปรับสมดุลระบบร่างกาย บางสมุนไพรที่มีรสหวานยังแสดงรสจืด ซึ่งช่วยระบายความชื้นผ่านการขับปัสสาวะ รสเปรี้ยวมักจะฝาดหรือรวมตัว ในขณะที่รสขมขับความร้อน ขับลำไส้ และกำจัดความชื้นโดยการทำให้แห้ง รสเค็มทำให้อมนุ่มและเปิดลำไส้
เส้นลมปราณ
เส้นลมปราณหมายถึงอวัยวะที่สมุนไพรมีผลต่อ ตัวอย่างเช่น เมนทอลมีรสเผ็ด เย็น และเชื่อมโยงกับปอดและตับ เนื่องจากปอดเป็นอวัยวะที่ปกป้องร่างกายจากการบุกรุกของความเย็นและไข้หวัด เมนทอลสามารถช่วยขับความเย็นในปอดและสารพิษความร้อนที่บุกรุกที่เกิดจาก "ลม" ร้อน
